Sejalan dengan mandat Departemen Konservasi Sumberdaya Hutan dan Ekowisata (KSHE), bidang ilmiah dikembangkan dalam Departemen KSHE diklasifikasikan menjadi 5 bagian sebagai berikut:
A. Divisi Ekologi dan Manajemen Hidupan Liar
Keilmuan yang dimandatkan pada Bagian ini meliputi konservasi satwaliar baik in-situ maupun ex-situ . Laboratorium pendukung Bagian ini adalah Laboratorium Ekologi Hidupan Liar dan Laboratorium Penangkaran Satwa Liar. Bagian ini dipimpin oleh Kepala Bagian Ekologi dan Manajemen Hidupan Liar yaitu Prof. Dr. Ir. Ani Mardiastuti, M.Sc.
B. Divisi Bioprospeksi dan Pemanfaatan Hidupan Liar
Adapun mandat keilmuan bagian ini adalah pengembangan ilmu dan teknologi serta pemberdayaan kearifan tradisional dalam konservasi keanekaragaman tumbuhan yang meliputi perlindungan, pengawetan dan pemanfaatan secara berkelanjutan. Laboratorium pendukungnya adalah Laboratorium Bioprospeksi dan Pemanfaatan Satwa Liar, Laboratorium Konservasi Tumbuhan dan Laboratorium Biopprospeksi & Pemanfaatan Tumbuhan Kepala bagian ini adalah Prof. Dr. Ir. Yanto Santosa, D.E.A.
C. Divisi Manajemen Kawasan Konservasi
Bagian ini diberi mandat oleh DKSHE dalam hal pengembangan kebijakan dan manajemen kawasan konservasi, baik terrestrial / daratan (utama) maupun perairan (penunjang). Dalam menjalankan mandat keilmuannya, Bagian ini didukung oleh Studio Manajemen Kawasan Konservasi. Kepala bagian ini adalah Prof. Dr. Ir. Sambas Basuni, M.S.
D. Divisi Rekreasi Alam dan Ekowisata
Secara spesifik, Bagian ini diberi mandat dalam keilmuan yang menyangkut perencanaan dan manajemen ekowisata serta pendidikan konservasi. Studio pendukung Bagian ini adalah Studio Rekreasi Alam dan Ekowisata. Adapun kepala bagian ini adalah Prof. Dr. EKS. Harini Muntasib, M.S.
E. Divisi Analisis Lingkungan dan Geospasial Modelling
Kepada Bagian ini dimandatkan keilmuan yang berkaitan dengan pengembangan ilmu, teknologi dan manajemen hutan kota dan jasa lingkungan, meliputi air, udara dan iklim untuk mendukung peningkatan kualitas sistem penyangga kehidupan. Laboratorium pendukung Bagian ini adalah Laboratorium Manajemen Hutan Kota, Laboratorium Analisis Lingkungan dan Laboratorium Modelling.